Академический храм во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова
Иоанно-Богословская церковь исторически относилась к Санкт-Петербургской духовной семинарии (здание Духовной академии с храмом во имя 12 Апостолов, построенное в 1817-1819 гг.). Семинария, согласно воле императора Николая I, обрела новое отдельное здание в 1838-1841 гг. Строительный комитет возглавил ректор семинарии архимандрит Афанасий (Соколов), впоследствии архиепископ Казанский и Свияжский. Проект здания в стиле классицизма с домовой церковью составил синодальный архитектор, академик Аполлон Федосеевич Щедрин (1796-1847).
В разные годы в семинарском храме молились причисленные ныне к лику святых ее ректор священномученик Вениамин (Казанский), воспитанники священномученики Алексий (Ставровский), Философ (Орнатский), Михаил (Чельцов) и др.
С 2009 г. по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, бывшего ректором ЛДА в 1974-1984 гг., при ректорстве епископа Гатчинского Амвросия (Ермакова) началось воссоздание художественного убранства храма. Проект, представленный Его Святейшеству ректором Духовной академии, был разработан весной 2009 г. мастерской «Образ» под руководством А.А. Бурлакова и К.В. Яковлева, художественный надзор осуществлял епископ Гатчинский Амвросий, научно-архитектурное консультирование – автор иконографической программы, председатель Архитектурно-художественной комиссии Санкт-Петербургской епархии, профессор игумен Александр (Федоров). Концепция работ по воссозданию убранства храма состояла в максим
альном приближении к исторической стилистике.
В Академичеством храме апостола Иоанна Богослова находятся частицы мощей Вселенских учителей и святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого, свт. Иннокентия Херсонского и других святых. Здесь же находятся чудотворная икона Божией Матери «Знамение Царскосельская», образ «Взыскание погибших» и другие святыни.
Чудотворная икона Божией Матери «Знамение» Царскосельская
В академическом храме
во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова находится чудотворный образ Пресвятой Богородицы «Знамение» Царскосельская, фамильная святыня дома Романовых. Происхождение ее теряется в глубине веков. В России она появляется в XVII веке, когда Константинопольский Патриарх Афанасий подарил образ царю Алексею Михайловичу. После основания новой столицы, Санкт-Петербурга, Петр I перенес икону во дворец на Неве.
В 1944 году фашисты бежали из Царского Села, похитив икону «Знамени
я», которая в скором времени была обнаружена в Риге. Весной 1948 года по благословению митрополита Ленинградского и Новгородского Григория (Чукова) икона была передана в возрожденную Ленинградскую духовную академию.
После гонений на Церковь и войны икона «Знамение» Царскосельская стала поистине благим знамением, чудом, свидетельством нового возрождения и расцвета прославленной академии. Все учащие и учащиеся ощущают через этот образ распростертый над ними Покров Царицы Небесной. При архиепископе Константине была возрождена добрая традиция чтения акафиста перед этим чудотворным образом по средам, когда все студенты Духовной школы собираются вместе для молитвенного прославления Царицы Небесной.
Храм Двенадцати апостолов в историческом здании Санкт-Петербургской духовной академии
10 июня 1817 года на соседнем с Лаврой участке Монастырского ос
Исторический облик храма Двенадцати апостолов.
трова митрополит Амвросий совершил торжественную закладку и освящение места для нового здания Санкт-Петербургской Духовной Академии с водружением креста в основании «назначенного посреди дома Академического храма во имя Двенадцати апостолов». Этот храм был освящен 26 августа 1819 митрополитом Новгородским, Санкт-Петербургским, Эстляндским и Финляндским Михаилом.
Храм был закрыт в 1918 году, после этого здание занимали различные учреждения, и храм долгое время использовался как спортивный зал. В 1993 г. члены корпорации и учащиеся Санкт-Петербургской Духовной
Первая Божественная Литургия в храме Двенадцати Апостолов
Академии начали борьбу за возвращение своего исторического здания и храма святых Двунадесяти апостолов.
9 ноября 2013 года весь исторический комплекс Санкт-Петербургской духовной академии вместе с домовым храмом двенадцати апостолов был возвращен законному владельцу. Ректор академии епископ Петергофский Амвросий в храме подписал акт о передаче последнего, главного здания, и в сослужении членов администрации академии совершил благодарственный молебен.
Великопостное богослужение в храме Двенадцати апостолов.
8 декабря 2013 года, в Неделю 24-ю по
Пятидесятнице и отдание праздника Введения во храм Пресвятой Богородицы, в домовом храме Двенадцати апостолов исторического здания Санкт-Петербургской православной духовной академии епископ Петергофский Амвросий совершил Божественную литургию Иоанна Златоуста, первую после 95-летнего перерыва в богослужебной жизни храма.
Домовый академический храм в честь Успения Божией Матери
На первом этаже исторического здания семинарии в конце 1960-х годов был обустроен 
домовый храм в честь Успения Божией Матери. Связано это событие с тем, что в 1961 году Свято-Троицкая Александро-Невская лавра была окончательно закрыта и резиденция митрополитов Ленинградских и Новгородских была перенесена в академию. Митрополит Никодим (Ротов) практически ежедневно совершал Божественную литургию, и возникла необходимость рядом с покоями обустроить домовый храм. Даже во дни болезни владыка служил, для чего в покои, которые располагались рядом с храмом (сейчас это один из залов музея), приносился Престол и совершалась Божественная Евхаристия.
Храм обустраивался под личным руководством митрополита Никодима. Стены украшают росписи, тематически связанные с Божией Матерью: Успение, Покров, Похвала и
Благовещение Пресвятой Богородицы. Особенностью храма является небольшая алтарная
преграда, которая позволяет получать прекрасный обзор на алтарную часть. Интерьер полностью сохранен и передает дух той эпохи жизни нашей Церкви. В 1999 году коллективом петербургских художников был
о совершено поновление росписей домового храма.
3 октрября 2014 года перед началом занятий ректор Санкт-Петербургской православной духовной академии архиепископ Петергофский Амвросий совершил первую после реставрации Божественную литургию в нижнем Успенском храме главного здания Академии. Перед Литургией владыка совершил чин малого освящения храма.
